当三方协议中的公司违约时，作为毕业生，你可以采取以下步骤来处理这种情况：

1. 查看协议条款：

    - 首先，仔细阅读三方协议中关于违约责任的条款。协议中可能明确规定了违约的后果，包括违约金的支付等。

2. 协商解决：

    - 与公司进行沟通，表达你的诉求，尝试达成一个双方都可以接受的解决方案。协商过程中，可以提出要求公司支付违约金或采取其他补救措施。

3. 寻求学校协助：

    - 如果直接与公司协商未果，可以寻求学校的帮助。学校的就业指导中心通常有经验处理此类问题，他们可以介入调解，帮助你与公司达成解决方案。

4. 法律途径：

    - 如果协商和学校调解均未能解决问题，你可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。这包括向有管辖权的法院提起诉讼或根据协议中的仲裁条款向仲裁机构申请仲裁。

    - 在此过程中，确保收集和保存所有相关证据，如三方协议原件、与公司沟通的记录、任何书面通知等。

5. 要求赔偿：

    - 由于公司的违约可能给你带来了损失，如错过其他就业机会等，你可以要求公司赔偿这些损失。赔偿金额应合理，能够覆盖你因违约所遭受的实际损失。

在整个处理过程中，保持冷静和专业，确保所有行动都在法律框架内进行。如果情况复杂，建议咨询专业律师，获取更具体的法律建议和支持。